Après avoir durant quatre ans dirigé l'Association Nationale des Elus de la Montagne comme Secrétaire général, puis comme Président avec les députés Didier MIGAUD (PS Isère) et Jean-Louis IDIART (PS Haute Garonne) de 1996 à 2002, Michel BOUVARD a été élu Président de l'Association Européenne des élus de la Montagne (AEM) succédant à Luciano CAVERI, élu de la vallée d'Aoste et ancien ministre de Romano Prodi.
Durant les trois années de son mandat, de 2003 à 2006, il a participé aux différentes consultations engagées par la Commission et le Parlement européen qui ont permis de conforter les politiques de cohésion de l'Union Européenne en direction de la montagne et d'assurer une reconnaissance constitutionnelle de celle-ci.
Sous sa présidence, l'AEM a obtenu le maintien des aides nationales pour les territoires de montagne, a été reconnue pour sa capacité d'expertise et a assuré son implantation dans les pays d'Europe centrale, afin d'en accroître le poids à Bruxelles. Marcelino IGLESIAS RICOU, Président du Gouvernement d'Aragon, puis Mercedes BRESSO, présidente de la région Piémont, lui ont succédé à la tête de l'Association dont le siège administratif a été implanté à Chambéry dans la maison des parcs et de la montagne.
De 2002 à 2007, il a présidé la commission permanente du Conseil National de la Montagne qui étudie les textes de loi intéressant la montagne, et travaille pour une meilleure prise en compte des spécificités de nos territoires.
En 2005, il a été choisi par les élus, professionnels, et représentants des associations comme Président du Comité de Massif des Alpes qu'il co-préside avec le Préfet de Région Provence Alpes Côte-d'Azur (PACA).
Ce comité a rédigé le schéma de massif qui fixe les orientations pour l'aménagement, le développement et la protection des Alpes Françaises. Il gère également avec les régions Rhône-Alpes et PACA les crédits transfrontaliers de l'Union Européenne. (ALCOTRA). Il cède sa présidence en 2012 à Joël Giraud, député des Hautes Alpes.